Pelayanan medis pada puskesmas oepoi dilaksanakan sesuai dengan Standar Prosedur Operasional (SPO) pelayanan yang berlaku. Oleh karena situasi pandemik saat ini dan adanya transmisi local Covid-19 di Kota Kupang maka pelayanan medik dimodifikasi untuk mencegah penularan COVID-19, antara lain dengan menerapkan triase/skrining terhadap setiap pengunjung yang datang, mengubah alur pelayanan, menyediakan ruang pemeriksaan khusus pasien yang terjaring saat screening, mengatur posisi duduk setiap pasien, mengubah posisi tempat duduk pasien pada saat pelayanan (jarak dengan petugas diperlebar), menggunakan kaca pembatas setiap meja pelayanan yang terdapat disetiap poli.

Puskesmas Oepoi juga menyediakan ruangan khusus yang dinamakan Poli Covid. Ruangan ini tersedia diluar gedung utama puskesmas sehingga pasien yang terjaring dalam screening langsung diarahkan menuju tenda khusus yang dinamakan poli covid tersebut. Cara ini dilakukan untuk mengurangi resiko infeksi antar pasien ataupun petugas. Puskesmas juga mengatur jadwal petugas setiap harinya sehingga setiap petugas bertanggung jawab baik itu APD yang akan digunakannya maupun laporan hariannya. Puskesmas Oepoi akan menyesuaikan semua bentuk pelayanan sesuai dengan ketentuan yang berlaku di era pandemi ini.